MEGA7正式版がリリースされました。(2/2/2016)

ダウンロードは www.megasoftware.net からどうぞ!

MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)は、DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのソフトウェアです。最初のバージョンは1993年に開発され、IBM PC-DOSDOS/Vの英語モード)上で動作しました。その後、バージョン2(MEGA2 )Windowsアプリケーションになり、バージョン3(MEGA3 )では、系統解析のための配列データ構築機能が装備されました。すなわち、DNAシーケンサからの Trace ファイルや FASTA をはじめとした様々な形式のテキストファイルの入力、内臓Webブラウザを用いたデータベースからのデータの検索(EntrezBLASTなど)・直接入力に対応しています。集めた配列データは専用アライメントエディタで編集できます。このアライメントエディタは ClustalWMUSCLE を内蔵し、配列の自動アライメントも可能です。最新バージョンのMEGA5 では、最尤法に基づいた種々の解析法を搭載しました。MEGA6 では、分岐年代測定のための方法 (Tamura et al. 2012, PNAS 109:19333-19338)を実装しました。MEGA7 では、64 bit Windows版として大規模データに対応し、分岐年代測定のためのRelTimeの改良版、遺伝子重複の自動判別機能などを実装しました。


 

 MEGA4の機能を紹介するアニメーションです。(※閲覧には Adobe Flash Player が必要です。)

 


MEGA5 の主な新機能は以下の通りです。

1.     多重配列アライメントのエンジンとして、ClustalW に加えMUSCLEも搭載。

2.     最尤法による系統樹推定、分岐年代推定、祖先配列推定、置換モデル選択。

3.     ユーザ指定系統樹の解析(トポロジー編集機能付)

4.     コドン単位の dN/dS テスト(HyPhy搭載による)

詳しくは以下の原著論文をご覧下さい。
MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Software Version 4.0 Mol. Biol. Evol. 24:1596-1599. 2007

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MEGA5
についての詳しい解説は、Barry G. Hall 博士の“Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual”をお薦めします。

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MEGA3 チュートリアル(Actin gene coding region を例題として)


MEGAと、このページの内容に関する問い合わせ: 田村浩一郎(ktamura@tmu.ac.jpまで、お気軽にどうぞ