入力データの準備
１．配列データのダウンロード
例題データ： Actin gene coding region
（１） MEGAのメインメニュー[Alignment]
– [Query Databanks] （左下図） 、またはAlignmentExplorerの[Web]–
[Query Databanks] （右下図） をクリックする。
（２） ブラウザの[Option]−[Sequence
Name] メニューをクリックし、「Sequence Name Option」をセットする。（データ種類によって適切なオプションを選択する。）
１．「Species Name Option」は「Species Name」
２．「Use Initial for Genus Name」のチェックを外す。
３．「Gene Name Option」は「Gene Name」
（３） Accession number を入力し、[Go] ボタンをクリックする。
（４）
タイトルが表示され、リンクをクリックすると遺伝子全長の配列データが表示される（下図左）。「CDS」のリンクをクリックするとタンパク質コード領域の配列だけが表示される（下図右）。スクロールして配列データを確認する。
（５） [Add
to Alignment] ボタンをクリックすると配列データが取り込まれる。
（６）
同じ要領で以下のデータを全てAlignment Explorerにダウンロードする。
演習に用いるデータ：
gi|5016087: Homo sapiens, actin,
alpha 1, skeletal muscle
gi|16359157: Homo sapiens, actin,
beta
gi|11038618: Homo sapiens, actin,
gamma 1
gi|11038625: Homo sapiens, actin,
gamma 2, smooth muscle, enteric
gi|4501882: Homo sapiens, actin,
alpha 2, smooth muscle, aorta
gi|15928833: Mus musculus, actin, alpha 1, skeletal muscle
gi|23271068: Mus musculus, actin, gamma, cytoplasmic
gi|28277650: Danio rerio, actin, alpha 1, skeletal muscle
gi|3044209: Danio rerio. beta-actin
gi|156772: Drosophila melanogaster, actin gene, complete cds, locus
88F
gi|156758: Drosophila melanogaster, actin gene, complete cds, locus
5C
gi|170985: Yeast
(Saccharomyces cerevisiae) actin gene
gi|1049306: Arabidopsis thaliana actin-2
gi|30409355: Oryza sativa
【参考】上記の方法以外の配列データ入力方法
２．シーケンサーデータの入力
DNAシーケンサーの波形データを読み込み、マニュアルで修正するための基本的な機能は備わっている。
（１） データのオープン
メインメニュー[Alignment]-[Edit Sequencer Files]をクリックし、ファイルを選択する。
（２） データの編集
最初（下図）と最後の読めない部分はマスクする。
（３） AlignmentExplorer に配列データを送る。
３．テキストデータの入力（AlignmentExplorerの基本操作法）
AlignmentExplorerには配列データをマニュアルで作成・編集する基本的な機能が備わっている。「メモ帳」などの一般のテキスト・エディタの機能に加え、配列データ（名前＋データ）単位の操作や、複数配列の部分アライメント単位（矩形ブロック）の操作、R(A+G)、Y(T+C)等の複数塩基の一文字表記による検索、DNAの順鎖・逆鎖変換など、配列データに特化した機能もある。
（１） 配列の新規作成、手入力
[Edit]-[Insert Blank Sequence]をクリックする。
配列の名前（「Sequence 1」）はダブルクリックして編集。 データ部分は直接入力、コピー＆ペースト等の編集機能を使うことができる。
（２） 配列データのコピー＆ペースト
FASTA形式のテキストデータはコピー＆ペーストすると配列のデータ構造（名前と配列）が自動的に認識される。
コピー＆ペースト
（３） ファイルからの読み込み、挿入
いろいろなフォーマットのデータファイルが挿入可能。
４．相同配列の検索
BLAST サーチ（相同配列の検索）を使うと、配列データをクエリとして相同性のある配列をデータベースから検索することができる。未知の配列の同定にも有効である。BLASTサーチはTraceEditor（方法１）
方法１：
（１） TraceEditorから：検索したい配列の一部を選択する（選択しないとマスク領域を除く全体とみなされる）。
（２）
BLASTのボタンをクリック
（３） 配列データが自動的に入力されたら、Submit
buttonをクリックする。
方法２：
（１）
Alignment Explorerから：配列全体（下図左）または一部（下図右）を選択する。
配列の名前をクリック 開始点をクリック
→ 終了点をShift + クリック
（２）
BLASTのボタンをクリック
アミノ酸配列レベルで検索したい場合は、[Translated
Protein Sequences]タブをクリックして翻訳してから行う。
（３） 配列データが自動的に入力されたら、Submit
buttonをクリックする。