[P-134]ヒトとマウスの間のコドン置換行列

発表者（所属）	三沢計治 （千葉県産業振興センター、地域結集プロジェクト）
要旨	置換行列は、単位時間当たりに、DNAまたはアミノ酸の置換が起こる確率を行列化したものであり、遺伝子の進化を考える際に利用される。これまで、DNAとアミノ酸について、それぞれ独立に置換行列が計算されてきた。しかし、遺伝子の進化をより正確にモデル化するためには、DNAまたはアミノ酸の置換を、コドン単位で考えることが望ましい。そこで、我々は、行列の対角化を用い、任意のstate数で使える置換行列計算法を開発した。そして、この方法を、かずさDNA研究所のHUGE およびROUGEデータベースに登録されているcDNA配列に応用し、ヒトとマウスの間でもコドン間置換行列を計算した。この行列は、ヒトやマウスなどの哺乳類の遺伝子配列の進化を考えるために役立つことが期待される。この研究は JST プロジェクトの一環として行われた。