S-03: Genome duplication: integrating comparative genomics, population genetics, and experimentally synthesised polyploids

8/21 9:00-12:00 会場：Room 5
企画者：Kentaro Shimizu (University of Zurich), Jun Sese (AIST)
使用言語：英語

●概要
    大野乾以来、ゲノム重複は動物・植物・菌類の多様化の主要な原動力であると考えられてきた。過去150年に倍数化によって種分化した新種も知られており、多くの穀物も倍数体である。しかしながら、重複遺伝子の解析の困難さなどから、倍数体種のゲノム解析は遅れてきた。このシンポジウムでは、別々の手法やタイムスケールを用いてすすめられてきたゲノム重複研究を概観し、統合的な研究への展望を目指す。比較ゲノム的手法からは、歴史的なゲノム重複と、生物多様化・環境変動との関係が論じられてきた。バイオインフォーマティクスの進展により、次世代シークエンサーを用いて重複遺伝子を区別した RNA-seqや多型解析が可能になり、組み合わさったゲノムのネットワーク進化によって新たな生態学的ニッチェを獲得することが見えつつある。また、現代に起きた倍数体種分化や実験室での人工倍数体作成は、種分化をリアルタイムで研究するまたとない機会を提供する。
●講演スケジュール　8/21 9:00-12:00　Room5
  • 9:00-9:20 Kentaro Shimizu1*, Tim Paape1, Masaomi Hatakeyama1,2, Reiko Akiyama1, Rie Shimizu-Inatsugi1, Satoru Akama3, Jun Sese3, Tanaka Kenta4, Yoshihiko Onda5 (1Univ. Zurich; 2Functional Genomics Center Zurich; 3AIST; 4Univ. Tsukuba; 5RIKEN)
    Introduction to genome duplication and the allopolyploid Arabidopsis kamchatica and Cardamine spp. as model polyploid species to study ecological speciation
  • 9:20-9:40 ○Takashi Makino1、Aoife McLysaght2 (1Tohoku University、2Trinity College)
    Ohnologs in the human genome are dosage balanced and frequently associated with disease
  • 9:40-10:00 Jeffery Fawcett (SOKENDAI)
    Significance of polyploidization in the evolution of angiosperms
  • 10:00-10:20 ○小林正樹１、Kevin Kit Sion Ng２、Jeffrey A. Fawcett３、Soon Leong Lee２、瀬々 潤１、清水健太郎４ (１産総研・創薬基盤、２FRIM・遺伝、３総研大・先導科学、 ４チューリヒ大・理)
    Ancient whole-genome duplication in a tropical tree family, Dipterocarpaceae
  • 10:20-10:40 ○Haruki Ochi、Hajime Ogino (Yamagata University)
    Genome duplications and evolution of gene expression - What can artificial genome duplicated vertebrate embryos tell us about WGDs? -
  • 10:40-11:00 ○塚谷　裕一１,２、澤田有司３、川出健介２,４、及川彰３,５、平井優美３ (１東大･ 院･理、２岡崎統合バイオ、３理研・環境資源科学研究セ、4基生研、５山形大・農)
    Metabolomics analyses of autopolyploids: Do genome duplications directly affect metabolic pathways?
  • 11:00-11:20 Tetsu Kinoshita (KIBR, Yokohama City Univ.)
    Mechanism of Hybridization Barrier in Plant Endosperm
  • 11:20-11:40 ○Masahiro Kanaoka1, Yuri Aoki1, Reiko Akiyama2, RIe Shimizu-Inatsugi2, Kentaro Shimizu2 (1Nagoya University, 2University of Zurich)
    Phenotypic plasticity in relation to water environment in allotetraploid Cardamine flexuosa
  • 11:40-12:00 赤間 悟1,2、清水(稲継) 理恵3、清水健太郎3、◯瀬々潤1 (1.産総研・BRD、2. 東 工大・ELSI、3. チューリッヒ大・理)
    Silencing and ratio changes of homeologs of the allopolyploid Arabidopsis kamchatica studied by new bioinformatic workflows HomeoRoq and SIGN
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